Zgodnie z przepisami kontrola w firmie musi być wcześniej zapowiedziana. Wyjątki stanowią tutaj sytuację, gdy istnieje uzasadnione podejrzenie popełnienia przez pracodawcę przestępstwa przeciwko obrotowi finansowemu. Przedsiębiorca ma więc czas na sprawdzenie dokumentów i naniesienie ewentualnych poprawek.
Nie tylko pracodawca ma obowiązek przygotować się do kontroli. Organ kontrolny również musi przestrzegać procedur przede wszystkim związanych ze sporządzeniem w dwóch egzemplarzach protokołu kontroli zawierającego:
- opis czynności odnoszących się do przedmiotu kontroli,
- dane osób przeprowadzających kontrolę,
- datę oraz miejsce kontroli,
- informację dotyczące przeprowadzanych w trakcie kontroli czynności oraz ustalenia końcowe,
- ocenę sprawy.
Przedsiębiorca dysponuje prawem odwołania się do decyzji organu podatkowego – może złożyć wyjaśnienia budzące wątpliwości lub dokonać korekty zeznania podatkowego, które zostało przez organ zakwestionowane. Na te czynności ma dwa tygodnie od momentu otrzymania protokołu z przeprowadzonej kontroli urzędników.
W odwołaniu warto zawrzeć wszystkie informację, gdyż w przypadku wszycia postępowania wyjaśniającego przez organ podatkowej protokół kontrolny jest podstawowym narzędziem dowodowym. Przepisy podatkowe w odniesieniu do pisma odwoławczego nie definiują jednak formy w jakiej ma zostać ono złożone.
Otrzymując od właściciela firmy pismo kwestionujące organ ma dwa tygodnie na odniesienie się do sprawy. Musi on podać sposób jej załatwienia wraz z wyjaśnieniem kwestii do których w protokole nie odniósł się wcześniej w sposób zrozumiały dla osoby kontrolowanej wraz z prawnym i faktycznym uzasadnieniem.