Składkę zdrowotną można odliczyć od podatku dochodowego pod warunkiem, że została zapłacona – nie ma takiej możliwości w przypadku składki nie opłaconej. Co równie ważne, odliczeniu nie podlegają również składki opłacone za pracowników – przedsiębiorca bowiem nie finansuje ich, a pobiera z wynagrodzenia pracowników i przekazuje do ZUS-u.
Odliczenie składki zdrowotnej od podatku jest możliwe w przypadku przedsiębiorców opodatkowanych zarówno na zasadach ogólnych, podatkiem liniowym, ryczałtem ewidencjonowanym, jak i kartą podatkową. Odliczeń dokonuje się na bieżąco, poprzez obniżenie zaliczki na podatek dochodowy w miesiącu lub kwartale, w którym składki zostały opłacone.
Jeśli suma zapłaconych składek jest wyższa niż podatek za dany miesiąc lub kwartał, nieodliczoną część zaliczek można odliczyć w kolejnych miesiącach/kwartałach – nie później jednak niż do momentu złożenia rocznego zeznania podatkowego. Co jednak bardzo ważne, nie ma możliwości, by opłacane w danym roku składki zostały odliczone w kolejnym roku.